Pod koniec września 1939 roku gestapo przystąpiło do masowych aresztowań mieszkańców Łagiewnik i okolicy w związku z ich udziałem w ujęciu lotników niemieckich. W dniu 2 września1939 roku myśliwiec z 3 Pułku Lotniczego zaatakował nad Poznaniem niemiecki bombowiec, który spadł między Moraskiem a Łagiewnikami na ziemię. Jego cztero osobowa załoga ratowała się skacząc na spadochronach. Jeden z lotników zdołał zbiec, drugi zginął.

Za ten czyn Niemiecki Sąd Specjalny w Poznaniu w dniu 18 stycznia 1940 roku, bez możliwości prawnej obrony, skazał na śmierć 8 osób w tym 3 kobiety. Dalszych siedmiu oskarżonych zostało skazanych na kary długoletniego więzienia od 3 do 15 lat, a kolejnych siedmiu oskarżonych sąd uniewinnił.

Wielkopolska zastała przemianowana na Warthegau (nazwa skrótowa od Reichsgau Wartheland - Okręg Rzeszy, Kraj Warty) i wcielona jako prowincja niemiecka do III Rzeszy.

Dla ciągle przybywających do Biedruska rannych żołnierzy niemieckich zabrakło miejsca w istniejącym w Biedrusku szpitalu, przez co największy budynek mieszkalny (dzisiejszy budynek Zespołu Szkół) szybko zaadaptowano na potrzeby lecznicze. Budynek ten przez całą okupację użytkowany był jako szpital, później już tylko dla rekonwalescentów. Jego, jak i wielu innych budynków, przedwojennych mieszkańców przymusowo wysiedlano do okolicznych miejscowości.

Punkty usługowe zostały przejęte przez nowych niemieckich właścicieli. Restaurację i sklep kolonialny po polskim dzierżawcy Kazimierzu Białym przejął w dzierżawę Niemiec z Piły o nazwisku Gremsch. W czasie ucieczki w styczniu 1945 roku pod Obornikami został on zbombardowany tracąc cały zagrabiony majątek. Natomiast sklep po Ksawerym Białym od 1940 roku dzierżawił Niemiec Kolbenschlag.

Po zajęciu przez Niemców Biedruska odbudowany został zniszczony most na Warcie, który w latach 1942 – 43 został zmodernizowany w celu umożliwienia przeprawy przez niego ciężkiego sprzętu pancernego, dzięki czemu jego nośność wzrosła do 50 ton.

Niemieckie naczelne dowództwo przystąpiło do intensywnej rozbudowy Biedruska jako jednej z baz wypadowych na Wschód. Rozbudową objęto rozległy teren leżący miedzy drogą do Chojnicy a Aleją Zjednoczenia i nawet za nią. Łukowato w kierunku północnym zbudowano cztery utwardzone drogi i trzy prostopadłe do nich. Między drogą do Chludowa a drogą do Chojnic wybudowano 25 baraków koszarowych, w tym jedną kuchnię i dwie kantyny oraz dwa baraki przeznaczone na łaźnie.

Wzdłuż drogi Chludowskiej wybudowano sześć baraków w tym jeden duży, przeznaczając je na rusznikarnię. Po 1943 roku baraki te, w szczególności ten duży, wykorzystano do remontu silników czołgowych.

Rejon między drogą Chludowską a Aleją Zjednoczenia podzielono na osiem kwartałów z czego pięć z nich przeznaczono na baraki dla żołnierzy. W każdym kwartale znajdowało się po 5 - 6 baraków mieszkalnych, jedna kuchnia i jeden barak przeznaczony na kantynę żołnierską z numeracją od 12 do 14. Każdy kwartał posiadał od 2 do 4 małych baraków przeznaczonych na latryny i zbiorowe umywalnie. Dwa kolejne kwartały zajmowały wykończone w 1940 roku dwa budynki dla kadry podoficerskiej i kolejnych pięć drewnianych baraków dla kadry. Po drugiej stronie Alei Zjednoczenia Niemcy dobudowali w dwóch rzędach osiem stajni po cztery stajnie w rzędzie. Wraz z tymi budowami wykończono dwa budynki przy kasynie oficerskim rozpoczęte jeszcze przed wojną dla kadry oficerskiej 7 PSK. W ósmym kwartale znajdowały się budynki byłego gospodarstwa rodziny von Treskow, zamienione wraz z oborą znajdującą się po drugiej stronie ulicy Poznańskiej, na magazyny żywnościowe dla potrzeb OC Biedruska i frontu wschodniego.

Artykuły żywnościowe dostarczane były koleją na dworzec bolechowski. W magazynach i barakach wybudowanych przy dworcu kolejowym Bolechowo następowało pierwotne magazynowanie żywności oraz prasowanie słomy i siana z gotowanymi kartoflami i owsem, jako podstawowej prasowanej karmy dla koni. Codziennie, prawie systematycznie, przychodziły dwa wagony mąki na potrzeby zaopatrzeniowe OC Biedruska, z której wypiekano chleb dla potrzeb własnych i innych garnizonów. Piekarnia wojskowa mieściła się w budynku, w którym obecnie mieści się sklep Dino. Pieczywo wypiekano w czterech piecach, a praca odbywała się na trzy zmiany.

W 1942 roku poligon biedruski został powiększony o kilka wiosek a mianowicie: druga połowę Chojnicy, Łysy Młyn, Glinno i Łagiewniki. Chojnice wykorzystywano do ćwiczeń taktycznych w walce o gęsto zabudowany punkt oporu. Kościół chojnicki pozostawiono do wykorzystywania religijnego, mimo iż wchodził w skład budynków punktu oporu. Jego okna zabezpieczone zostały specjalnymi kasetonami wypełnionymi kamieniami polnymi dla ochrony przed rażeniem odłamkami i kulami. Nabożeństwa religijne w tym kościele odbywały się co dwa tygodnie dla mieszkańców Biedruska i okolicy nie włączonej do poligonu. Odbywało się to za specjalnymi przepustkami wydawanymi przez komendę poligonu. Osoby nie posiadające przepustki musiały płacić 1 markę kary, która egzekwowana była przez poruszającego się konno żandarma.

Wieś Łagiewniki po przyłączeniu do poligonu została zamieniona w całości na niemiecki majątek wojskowy. Podobna sytuacja miła miejsce w przypadku Mściszewa, Szlachencina i innych miejscowościach, w których pracowali na roli jeńcy wojenni najpierw Anglicy później i Rosjanie.

Po klęsce Francji w 1940 roku do Biedruska skierowano pierwszą partię jeńców angielskich. Początkowo zostali oni ulokowani w Kaniowie, w późniejszym okresie, po rozbudowie Biedruska, jeńcy zostali przeniesieni do nowych baraków w rejonie kuchni nr 7. Później przerzucono ich w rejon kuchni nr 14, by w końcowej fazie okupacji przenieść ich do Mściszewa nad Wartą. Warunki bytowania jeńców angielskich były dobre i obchodzono się z nimi poprawnie.

W Biedrusku mieścił się również obóz jeńców radzieckich i znajdował się on w byłych stajniach zbudowanych na początku XX wieku. Warunki bytowe tych więźniów były bardzo ciężkie. W ich rejonach nie było źdźbła trawy, nawet za ogrodzeniem w zasięgu wyciągniętej ręki. Służbę wartowniczą nad obozem radzickim sprawowali zdrajcy "Własowcy”, którzy traktowali swych rodaków daleko gorzej niż niemieccy żołnierze.

Jak wspomina Prof. dr hab. Jerzy Masiakowski w "Wiejskiego Gośliniaka okrutny czas niemieckiej okupacji":

„Czarną robotę na terenie Biedruska wykonywali, pilnowani przez niemieckich żołnierzy pod karabinem, rosyjscy jeńcy wojenni. Swoim widokiem i zachowaniem budzili uczucia bezradnej litości i współczucia. Wynędznieli, zabrudzeni, obdarci i przerażająco głodni. Jak byli poza zasięgiem wzroku ich niemieckiego nadzoru, ukradkiem brali do kieszeni i za pazuchę obierki, a promienieli ze szczęścia, jak udało się im podać coś do zjedzenia, jakąś kanapkę.

Było to w całkowitym kontraście z jenieckim obozem przy przeprawie nad Wartą w Mściszewie, gdzie znajdowali się porządnie ubrani, syci i zachowujących się godnie Anglicy, z przyjaznymi gestami pod naszym adresem przy wzrokowych kontaktach w czasie ich drogowych robót nadzorowanych przez niemieckich żołnierzy lub z za wysokiego, drucianego, zakończonego drutem kolczastym ogrodzenia obozu.”

Od czasu, gdy Kaniów został opuszczony przez jeńców angielskich zamieszkali go pracownicy cywilni, wśród których ukrywał się ksiądz Łazarz (do 1939 roku przełożony seminarium duchownego w Bąblinie). Natomiast ksiądz prałat Stanisław Wężyk były proboszcz parafii Chojnica w czasie okupacji pracował jako borowy w Morasku.

W 1943 roku Niemcy dobudowali przy dworcu Bolechowo jeszcze kilka baraków, w których wspólnie z barakami rusznikarni w Biedrusku remontowano uszkodzone na froncie czołgi. Wyremontowany sprzęt wraz z kolejnymi uzupełnieniami stanu osobowego, często rekonwalescentami szpitala biedruskiego, odjeżdżały jako uzupełnienia do jednostek frontowych.

Na terenie poligonu od początku okupacji systematycznie odbywały się ćwiczenia taktyczne, strzelania artyleryjskie i czołgowe, strzelania z broni piechoty różnych związków taktycznych a nawet operacyjnych armii niemieckiej. Przekaz ustny, nie udokumentowany podaje, że w Biedrusku szkolono wojska feldmarszałka Friedrycha Paulusa przed wyruszeniem na front wschodni.

Na poligonie ćwiczono również przeprawy przez rzekę Wartę, najczęściej na kierunku Mściszewo – Trzuskotowo. Ćwiczenia te odbywały się przy bombardowaniach lotniczych przepraw oraz przy ogniu artyleryjskim. Często strzelano ostrą a nie ćwiczebną amunicją przez co dochodziło do ostrzelania ćwiczącej piechoty, która za szybko zdobyła określoną w ćwiczeniach rubież nieprzyjaciela. Taki przykry wypadek miał miejsce w lecie 1943 roku, w skutek którego śmierć poniosło i zostało rannych kilkunastu żołnierzy niemieckich.

Komendantem obozu był płk Schultz. W roku 1943 zorganizował on polowanie dla władz cywilnych i wojskowych Poznania, podczas którego wraz ze zwierzyną został śmiertelnie postrzelony komendant garnizonu poznańskiego. Za ten wypadek płk Schultz został zdjęty z zajmowanego stanowiska i wysłany za karę na front wschodni.

Na jego miejsce z dniem 1 listopada 1943 roku zostaje naznaczony płk Ernest Rudolf Mattern, dotychczasowy dowódca jednego z zapasowych pułków. Płk Mattern wraz z rodziną początkowo zamieszkiwał budynek zwany "generałką" w Biedrusku. Na początku 1944 roku przenosi się do świeżo wyremontowanego pałacyku w Łagiewnikach przy którym prowadzi małe gospodarstwo rolne.    Objecie stanowiska komendanta biedruskiego poligonu pozwoliło na awansowanie go do stopnia generalskiego co nastąpiło w rok po objęciu stanowiska Komendanta OC Biedrusko. Z dniem 1 listopada 1944 roku generał major Ernest Rudolf Mattern objął stanowisko komendanta twierdzy Poznań. 1 lutego 1945 roku za chęć poddania twierdzy Poznań, został zdjęty z zajmowanego stanowiska, na korzyść swego zastępcy generała majora Ernesta Gonella. W wyniku samobójczej śmierci Gonella w przeddzień zdobycia twierdzy gen. Mattern, wcześniej wzięty do niewoli, jako najstarszy stopniem oficer niemiecki prowadził przemarsz ulicami wyzwolonego Poznania.